國(guó)家海洋局第三海洋研究所（簡(jiǎn)稱海洋三所），創(chuàng)建于1959年, 隸屬于國(guó)家海洋局，為國(guó)家公益類綜合型海洋科學(xué)研究機(jī)構(gòu)。主要從事海洋生物、化學(xué)、地質(zhì)、動(dòng)力、遙感、聲學(xué)、環(huán)境與生態(tài)、極地與深?？茖W(xué)、全球變化科學(xué)等學(xué)科的研究與應(yīng)用。

截至2017年12月，海洋三所有在職職工450余人，其中，中國(guó)工程院院士1人，享受政府特殊津貼專家18人，入選國(guó)家“百千萬(wàn)人才工程”2人，入選福建省“百千萬(wàn)人才工程”4人，廈門市拔尖人才4人，副高級(jí)職稱以上人員160余人，具有博士學(xué)位人員160余人；是國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)的碩士學(xué)位授予單位，擁有6個(gè)碩士學(xué)位授予點(diǎn)，并與清華大學(xué)、中國(guó)科技大學(xué)等高校聯(lián)合招收博士研究生，并建有博士后科研工作站，先后與美、德、法、日等30多個(gè)國(guó)家以及我國(guó)臺(tái)灣、香港等地區(qū)的有關(guān)機(jī)構(gòu)建立了交流與合作關(guān)系。出版中國(guó)自然科學(xué)核心期刊《應(yīng)用海洋學(xué)學(xué)報(bào)》。
海洋三所擁有4大研究領(lǐng)域，16個(gè)研究方向，12個(gè)研究部門（含2個(gè)國(guó)家海洋局重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室），以及面向服務(wù)經(jīng)濟(jì)社會(huì)建設(shè)為主的國(guó)家海洋生物資源綜合用工程技術(shù)研究中心、廈門海洋工程勘察設(shè)計(jì)研究院等。目前，海洋三所正在積極籌建漳州科技興海基地、北?；氐葯C(jī)構(gòu)。海洋三所在海洋生物技術(shù)與資源開發(fā)、海洋-大氣化學(xué)與全球變化研究、海洋生態(tài)系統(tǒng)與環(huán)境保護(hù)、臺(tái)灣海峽與熱帶邊緣海應(yīng)用海洋學(xué)等主要領(lǐng)域的研究獨(dú)具特色，居國(guó)內(nèi)先進(jìn)水平。由我所新建的、國(guó)內(nèi)最先進(jìn)的4500噸級(jí)海洋綜合科學(xué)考察船“向陽(yáng)紅03”船自2016年3月建成并投入使用以來(lái)，建立了整套的管理制度及運(yùn)行管理人員，至今已圓滿完成了多個(gè)綜合調(diào)查航次任務(wù)。

海洋三所持有《質(zhì)量管理體系認(rèn)證證書》、《資質(zhì)認(rèn)定計(jì)量認(rèn)證證書》，《建設(shè)項(xiàng)目環(huán)境影響評(píng)價(jià)資質(zhì)證書》（甲級(jí)）、《海域使用論證資質(zhì)證書》（甲級(jí)）、《工程勘察證書（海洋工程勘察綜合類）》（甲級(jí)）、《工程咨詢證書（生態(tài)建設(shè)和環(huán)境工程）》（乙級(jí)）、《工程咨詢證書（港口河海工程》（乙級(jí)）、《地質(zhì)勘查資質(zhì)證書（海洋地質(zhì)調(diào)查）》（乙級(jí)）、《地質(zhì)勘查資質(zhì)證書（固體礦產(chǎn)勘查）》（乙級(jí)）、《測(cè)繪資質(zhì)證書》（甲級(jí)）等各類技術(shù)服務(wù)資質(zhì)證書。